El proyecto ambiental y de sociedad: Madre de Dios se beneficiará con 200 mil dólares como aporte del Dakar en compensación de sus emisiones directas de carbono del Rally 2013.
Este proyecto se encuentra en la lucha, a través de distintas acciones, de detener la deforestación, un cáncer que actualmente amenaza a la Amazonia peruana. Madre de Dios permite salvar cerca de 120 000 hectáreas de selva que se destruirían en los próximos diez años.
El Dakar siempre se involucrado en la preparación de su recorrido, dándole particular cuidado a la preservación de algunos lugares que se consideran sensibles ante un posible daño ambiental. Para esto, es necesario el trabajo conjunto entre los equipos de rally y las autoridades ambientales de los países anfitriones.
En Perú, las autoridades del Ministerio de Medio Ambiente y del Ministerio de Cultura realizan desde el principio una labor de la mano con los equipos de la organización del rally en la definición del trazado que este tendrá.
En Argentina, se consulta al Ministerio del medio ambiente y a los servicios de cada provincia por donde pasa la competencia. En Chile se sigue el mismo plan de ejecución en pro del medio ambiente.